תיקנו חכמים לומר תפילת 'על הניסים' בברכת מודים, ובברכת נודה לך בברכת המזון. הגמרא מסבירה שהטעם הוא מפני שכל עיקרו של חג החנוכה הוא חג הודאה לה' על נסיו ונפלאותיו, ועל כן יש להודות לו בברכות המיועדות להודאה. בתפילה יש לומר "ועל הניסים" עם ואו, ולא 'על הניסים'.

אם שכח לומר תפילת על הניסים, וסיים את ברכת מודים, לא יאמרה בין ברכת 'מודים' לברכת 'שים שלום' מאחר שהאמירה שם מהווה 'הפסק' ונכון שיאמרה בסוף תפילת אלוקי נצור בנוסח "מודים אנחנו לך על הניסים וכו' עד ונודה לשמך הגדול סלה". אם שכח לגמרי את תפילת על הניסים לא צריך לחזור ולהתפלל. גם בברכת המזון, אם לא חתם את ברכת 'נודה' [ברוך אתה ה' על הארץ ועל המזון], יחזור ויאמרה, אולם אם כבר חתם, טוב שבאמצע 'הרחמן' יאמר "הרחמן הוא יעשה עמנו ניסים ונפלאות כמו שעשה לאבותינו בימים ההם בזמן הזה, בימי מתתיהו בן יוחנן כהן גדול וכו'".

אם אמר את תפילת על הניסים בתפילת 'רצה', כמו יעלה ויבא, יצא ידי חובה. כך כתב בשו"ת נשמח חיים, ובספר חזון עובדיה. אכן אם נזכר לאחר שאמר בברכת 'רצה', כי אמרה שלא במקומה, יחזור ויאמרה בברכת מודים כתיקון חז"ל. אם כבר סיים את התפילה אינו חוזר.

בספר חזון עובדיה פסק שניתן לומר את תפילת על הניסים בליל חנוכה בתפילת ערבית, אף שעדיין לא הדליקו את נרות החנוכה, ואף אם מתפללים ערבית עוד קודם שקיעת החמה שעדיין לא הדליקו נרות אפילו בבית הכנסת. כיוצא בדבר כתב הבית יוסף לגבי קריאת מגילה שניתן לומר 'על הניסים' בתפילת ערבית עוד קודם שקראו את המגילה עצמה. אכן בספר 'מצוות נר איש וביתו' הקשה על פסק זה שהדברים לכאורה אינם דומים, שכן במצות מגילה, הגם שהמגילה עדיין לא נקראה, אך זמן חיובה כבר חל, שכן בליל פורים אנו עומדים, אולם בליל חנוכה שמתפללים ערבית קודם שקיעת החמה, הרי שעדיין לא חל כלל חיוב ההדלקה, ואיך יאמר כבר 'על הניסים' בתפילה? להרחבה בעניינים אלו ראה בספר חזון עובדיה – חנוכה עמ' קפח – קצא, ובספר מצוות נר איש וביתו עמ' רכה-רכו.