יום ג' בתשרי הוא יום צום גדליה לזכר רציחתו של גדליה בן אחיקם. הצום מתחיל עם עלות השחר ומסתיים 18 דקות לאחר השקיעה.
הכל חייבים לצום. אולם מי שחושש שאם יצום צום זה לא יוכל לצום את יום כפור יעשה שאלת חכם, ועל פי רוב נוהגים להקל בזה.
בצום גדליה קורים בתורה בשחרית בפרשת 'ויחל' הנמצאת בפרשת 'כי תשא' ומי שאינו מתענה ראוי שלא יעלה או יקרא בתורה.
גם במנחה [אותה יש להקדים קצת] קוראים בפרשת 'ויחל' ולאחר מכן מפטירים בישעיהו נה – 'דרשו ה' בהמצאו קראוהו בהיות קרוב', עד 'אקבץ עליו לנקבציו'. הספרדים לא מפטירים.
בתפילת שמונה עשרה אומר היחיד 'עננו' בברכת שומע תפילה, והחזן אומר 'עננו' לאחר תפילת 'גואל ישראל'. במנחה בתענית נושאים הכהנים את כפיהם. לאחר התפילה לא אומרים 'תחנון' אלא 'אבינו מלכינו'.
בשבת של עשרת ימי תשובה מפטירים בהושע [יד], 'שובה ישראל', עד סופר הספר, ומוסיפים ביואל [ב] 'תקעו בשופר ציון' עד סוף הפרק.
בעשרת ימי תשובה יש מספר שינויים בתפילת שמונה עשרה: בברכת מגן אבות, מחיה המתים, מודים, ושים שלום, יש להוסיף את התפילות המוזכרות, ואת ברכת 'האל הקדוש' ו'השיבה שופטינו' חותמים במילים – 'המלך הקדוש', ו'המלך המשפט'.
אם שכח ואמר כרגיל אינו חוזר מלבד ברכת 'המלך הקדוש' שאם שכח ולא תיקן עצמו בתוך כדי דיבור שחוזר לראש התפילה. לפי חלק מפוסקי הספרדים, גם בברכת 'המלך המשפט' אם לא נזכר עד שאמר את 'יהיו לרצון' השני בתפילת 'אלוקי נצור', חוזר לראש התפילה. אם נזכר קודם לכן, חוזר לברכת 'השיבה שופטינו'.
שליח ציבור ששכח לומר 'המלך הקדוש', ונזכר לאחר כדי דיבור חוזר לתחילת ברכת 'אתה קדוש', ולא לתחילת תפילת שמונה עשרה [חזון עובדיה], אכן יש מן הפוסקים שחלקו על כך ואמרו שיש לחזור לראש התפילה.
בכל יום לאחר חזרת הש"ץ בעשרת ימי תשובה אומרים תפילת 'אבינו מלכינו'.
בברכת המזון של עשרת ימי תשובה נהגו החסידים לומר בברכת המזון 'הרחמן הוא יחדש עלינו את השנה הזאת לטובה ולברכה'.
בליל שבת של שבת תשובה אומר בתפילת 'מגן אבות' 'המלך הקדוש' במקום 'האל הקדוש'.
האשכנזים נהגו לומר את פרק תהילים 'שיר המעלות ממעמקים' לאחר ברכת ישתבח בעשרת ימי תשובה. ויש גם מן הספרדים שנהגו כך.
ערב יום הכיפורים עושים את מנהג הכפרות– תרנגול לזכר ותרנגולת לנקבה, ולמעוברת תרנגול ותרנגולת. יש העושים את הכפרות בכסף שהולך לצדקה.
אין אומרים בשחרית למנצח, לא מזמור לתודה, ולא תחנון.
מצווה להרבות בו בסעודה ואסור להתענות. מצווה לטבול במקווה לכבוד יום הדין. אם אינו יכול לטבול שישפוך על עצמו 12.5 ליטר של מים. מצווה לאכול בו סעודת שחרית, גם לנשים, ועושים אותה כעין סעודת יום טוב.
מצווה לאכול בו סעודת מפסקת, לפני היכנס החג, ועושים אותה כעין סעודת יום טוב, ומסיימים את הסעודה לפני שקיעת החמה כדי להוסיף מחול על הקודש. גם נשים חייבות במצווה זו.
יש לפייס את חבירו בערב יום הכיפורים, ויפייס אדם את בני משפחתו שמן הסתם פגע בכבודם.
בתפילת מנחה מוסיפים את הוידוי – 'על חטא'. להבדיל מעשרת ימי תשובה לא אומרים בה 'אבינו מלכנו'.
מדליקים נרות ומברכים 'להדליק נר של יום הכיפורים' ו'שהחיינו'. ואם מתפללים בבית הכנסת לא יברכו שהחיינו, שיצאו ידי חובה בברכה שאחרי 'כל נדרי'.
מוציאים 7 ספרי תורה [לפי הספרדים], או שלשה [לפי האשכנזים] ומתפללים את תפילת כל נדרי, ומקדימים לה את 'תפילה זכה' או את 'לך אלי', כל אחד לפי מנהגו ואת תפילת ערבית של יום הכיפורים כל עדה לפי מנהגה. נוהגים להתעטף בטלית בערבית של כיפור. לאחר קריאת פסוק ראשון של שמע אומרים כל הקהל ביחד את 'ברוך שם כבוד מלכותו' בקול רם, כמלאכים.
כאשר חל יום הכיפורים בשבת אומרים 'מזמור שיר ליום השבת', 'ופרוש' 'ושמרו', ומזכירים את השבת בשמונה עשרה כמו שמובא במחזורים. יש קהילות שנהגו לומר 'מזמור לדוד', ואת 'לכה דודי' כשאר יום טוב שחל בשבת, וב'בואי בשלום' אומרים 'ובצהלה' במקום 'ובשמחה'. יש מן הספרדים שנהגו לומר את מזמורי קבלת שבת ו'לכה דודי' לפני פיוט 'לך אלי'.
ישנם חמישה עינויים ביום כיפור: שתייה, אכילה, רחיצה, תשמיש המיטה, ונעילת הסנדל. קטן שהוא פחות מתשע שנים שלמות אין לו להתענות אפילו תענית שעות. אם עבר את גיל תשע השנים השלמות מענים אותו תענית שעות – אם רגיל לאכול ב-7 שיאכל ב- 9 או ב-10.
חולה או יולדת שפטורים מן התענית אחר ששאלו רב, אינם צריכים לקדש כשאוכלים גם אם חל כיפור בשבת, אבל יזכירו יעלה ויבא [ביום הזיכרון] בברכת המזון.
בתפילת שחרית מתפללים כנוסח המובא במחזור ומוציאים שני ספרי תורה. בהוצאת הספר אומרים י"ג מידות, ותפילת רבונו של עולם, אבל לא כשחל בשבת. בפסוקים שאומר החזן הוא מוסיף את המילה 'ונורא' שמו.
קוראים בפרשת אחרי מות [ויקרא טז] מתחילת הפרשה וד 'ויעש כאשר צוה ה' את משה'. לאחר מכן אומרים חצי קדיש, ובספר השני קוראים בפרשת פנחם [במדבר כט, ז] 'ובעשור לחודש השביעי' עד 'ומנחתה ונסכיהם'. מפטירים בישעיהו נז, יד 'ואמר סולו סולו' עד 'כי פי ה' דיבר'. בשבת עולים שבעה קרואים ובחול חמישה.
לאחר קריאת התורה אומרים האשכנזים את תפילת 'יזכור'.
מתפללים תפילת מוסף וסדר העבודה.
במנחה אין אומרים אשרי ובא לציון, והספרדים נהגו לאומרם. מוציאים ספר תורה וקוראים בפרשת עריות [ויקרא יח,א] עד סופה. מפטירים את ספר יונה ומוסיפים שלשה פסוקים מסוף ספר מיכה 'מי אל כמוך' עד סוף הספר. אם יש צורך מותר להעלות כהן לשלישי אחרי כהן ולוי.
הכהנים לא נושאים את כפיהם בתפילת מנחה, ואחרי חזרת הש"ץ אומרים אבינו מלכינו. כשחל בשבת אין אומרים אבינו מלכינו.
תפילת הנעילה מתחילה על פי המנהג חצי שעה קודם שהשמש נעלמת, וראוי לחזן לכלכל צעדיו שיגיע לברכת כהנים דקות ספורות לפני השקיעה. הכהנים רשאים לברך בדיעבד גם בבין השמשות [13.5 דקות אחרי השקיעה].
בתפילת נעילה אומרים 'חתמנו' במקום 'כתבנו' ואם אמר 'כתבנו' יצא ידי חובה. האשכנזים אומרים 'אבנו מלכינו' לאחר נעילה גם כשחל בשבת.
בסיום נעילה תוקעים בשופר 'תקיעה שברים תרועה תקיעה, תקיעה שברים תקיעה, תקיעה תרועה תקיעה'. האשכנזים נוהגים לשיר 'לשנה הבאה בירושלים הבנויה'.
לאחר תפילת ערבית של יום כיפור מקדשים את הלבנה ויש שנהגו לעשות מצווה זו קודם כיפור כדי להגיע ליום הדין עם מצווה נוספת.
מבדילים על הכוס ואין מברכים על הבשמים גם אם חל בשבת, אלא רק על הכוס ועל האש. האשכנזים נוהגים לברך גם על הבשמים כשחל כיפור בשבת.
לוקט מספרים רבים ביניהם: נטעי גבריאל, ילקוט יוסף, לוח דינים ומנהגים – היכל שלמה בעריכת הרבנים אייזנברג ובן דהן, חזון עובדיה, המדור נועד לעורר את לב המעיינים בלבד.