למרות שבית האר"י הקדוש נושא את שמו של המקובל הגדול, הוא נבנה מאות שנים קודם הגיעו לצפת. תאריך הבנייה המשוער של בית הכנסת הינו ראשית המאה ה- 14. בתחילה נקרא בית הכנסת על שמו של אליהו הנביא. בידינו קיימת עדות של הרב המקובל משה באסולה [שספר מסעותיו ובו תיאורים של אתרים שונים בארץ זכה לפופולאריות עצומה] המספר כי בצפת "יש ג' בתי כנסיות.. ואחד של מערביים [יוצאי צפון אפריקה] וקורין לה כנסת של אליהו ז"ל, כי היא קדומה וקבלה בידם שאליהו ז"ל התפלל בה".

 

 

לפי המסורת בבית כנסת זה התפלל האר"י הקדוש. האר"י ז"ל היה גדול מקובלי צפת, שפיתח שיטה חדשה בקבלה המקובלת היום ברחבי העולם היהודי כולו. עד גיל 36 חי האר"י הקדוש במצרים, בבית דודו רבי מרדכי פרנסיס שהיה ממונה על המכס במדינה. אז התגלה אליו אליהו הנביא והורה לו לעלות ארץ ישראל. באותו זמן פעל בצפת גדול המקובלים רבי משה קורדובירו [הרמ"ק]. לקראת פטירתו הורה הרמ"ק לתלמידיו כי ממשיכו יתגלה אליהם בלוויתו כזה שיראה את הענן הולך בעקבו מיטתו. ואמנם האר"י התגלה כממשיכו של הרמ"ק, והוא החל ללמד מספר מצומצם של תלמידים [שנקראו גורי האר"י] כשהבכיר ביניהם הוא רבי חיים ויטאל [המהרח"ו].

 

האר"י הגיע לצפת בשנת 1570, והוא חי בה שנתיים עד לפטירתו בגיל 38 בלבד.

 

בית הכנסת האר"י הספרדי הינו בית הכנסת שעל פי המסורת התפלל בו האר"י הקדוש, והוא בית הכנסת העתיק ביותר בצפת. לפי המסורת האר"י בחר להתפלל בבית כנסת זה בזכות נוף הר מירון וקבר רבי שמעון בר יוחאי הנגלה מבעד לחלון.

 

בית הכנסת החל להיקרא על שם האר"י במאה השבע עשרה.

 

 

בבית הכנסת יש כוך קטן. בכוך זה נהג לשבת האר"י ושם היה לומד תורה עם אליהו הנביא. מקובל כי מהמערה הנפתחת מהקיר המזרחי של בית הכנסת היה מתגלה לו אליהו הנביא והיה מוסר לו גילויים ופתרונות בתורת הסוד והקבלה.

 

בבית הכנסת קיימים עיטורים כחולים והם מיוחסים להשפעת התקופה שבה חיו היהודים בספרד המורית שם נחשב הצבע הכחול לקדוש. בבית הכנסת יש שני חלקים חשובים: הקיר הדרומי הקרוב יותר לירושלים והו קבוע ארון הקודש [יחד עם עוד שני ארונות], והבימה המרכזית המוגבהת.

מעניין לציין שבית הכנסת נבנה במקום נמוך ברובע היהודי [720 מ' מעל לפני הים] זאת למרות ההנהגה המקובלת שבית כנסת נבנה במקום הגבוה שבעיר [ראה על כך באתר זה], החוקר רמי יזרעל מציע פתרונות לשאלה זו [ראה בספר אריאל עמוד 159 – 165].

 

משני עברי דלת הכניסה מצויים שני גומחות ששימשו, כך על פי הסברא, כבתי קיבול של מנורות. ליד הבמה המוגבהת, נמצאת באר מים עתיקה שגילה מועך ב- 700 שנים.

 

 

בשנת 1759 ארעה רעידת אדמה גדולה בצפת ובית הכנסת נפגע. כשמונים שנים מאוחר יותר ארעה רעידת אדמה קטסטרופאלית שהחריבה את העיר צפת ואת סביבותיה והותירה אלפי הרוגים. היה זה בכ"ד טבת או ה- 1 בינואר. בזמן תפילת המנחה החרידה את העיר רעידת אדמה עצומה שהחריבה את הערים טבריה וצפת. ההרס והחורבן הועצמו על ידי סדרה של גלי צונאמי שעלו מן הכינרת. במהלך אסון טבע זה נהרס גם בית הכנסת על שם האר"י.

 

בשנת 1840 תרם הנדיב היהודי האיטלקי יצחק גואטה כספים לשיקום בית הכנסת. עד היום מצוי לוח זיכרון המנציח את השיקום.

 

 

במלחמת השחרור היה בית הכנסת לעמדה של אנשי ההגנה. הסיבה לכך נעוצה במיקומו של בית הכנסת בקצה הרובע היהודי. על גג המצודה היו המגינים מסתתרים והם יצרו בקיר הדרומי חרכי ירי, וספרי התורה וצאו ממנו באופן זמני.

 

בשנים 1990 ו- 2005 עבר בית הכנסת עבודות של שיפוץ ושימור. החברה לשימור וניהול של מורשת התרבות בישראל כותבת כי "במהלך שנת 2005 בוצעו עבודות שיקום ושימור של החזית הצפונית, הראשית, של מבנהבית הכנסת. אלו כללו בין היתר טיפול והחלפה של מספר אבנים ושחזור אופיה של החצר. השיקום תוכנן בהסתמך על צילומים היסטוריים משנת 1968 שנמצאו בארכיון בית המאיריבצפת.  מטרת עבודות השימור היתה להגן על המבנה מפני תהליכי בליה טבעייםומעשה ידי אדם, ולשמר את הפרטים האדריכליים של החזית".

 

בית הכנסת האר"י פעיל כיום ותפילות נערכות בו. בבית הכנסת מתפללים כמה מן המשפחות הוותיקות בעיר.