בית כנסת פעיל כ-15 שנה וכעת מעוניין לפתוח תיק במס

שלום רב,
ראשית ברכות ויישר כח על האתר והמידע המקצועי המשותף בו.
נסיתי לברר עם רואי חשבון שונים והודו שאינם בקיאים בחובת ניהול הספרים של בתי כנסיות, וכאן אתם שופכים אור בכל הנושאים הייחודיים הללו - חזקו ואמצו!

בית הכנסת שלנו פעיל מזה כ-15 שנה ללא תיק במס הכנסה. לפני שנים אחד מהמתפללים פתח עמותה לענייני דת שנותרה לא פעילה כל השנים. פעילותו של אותו מתפלל היתה בעיקר ארגון כנסים והירתמות לפעילויות שונות של הפצת הדת, בעוד שהוא פעל וכינס בעיקר בבית הכנסת שלנו. הבית כנסת החליט זה עתה לפעול בצורה מאורגנת לצורך השגת אישור ניהול תקין. בשנה האחרונה החל בית כנסת להתנהל מול רשם העמותות בנוגע לאותה עמותת מדף, שהיתה לא פעילה - וכעת העמותה היא של בית הכנסת (שם העמותה שונה לשם של הבית כנסת, הרכב חברי העמותה נבחרו בהתאם לבית הכנסת). בית הכנסת לקראת פתיחת תיק במס הכנסה ומע"מ. ומתעוררות 2 שאלות:
1. יש יתרה בבנק של כרבע מליון ש"ח - האם מס הכנסה מתעלם מהימים שההתנהלות של הבית כנסת היתה שלא במסגרת עמותה?
ולמעשה היום הראשון להפקת הכנסות הוא היום שבו שונה השם של העמותה?
2. העמותה קיימת כבר שנים עם דוחות של חוסר פעילות שהוגשו לרשם העמותות (לפני שהבית כנסת לקח את העמותה) - האם מס הכנסה חלילה עשוי לבקש הגשת דוחות שנתיים לאותם שנים חסרי פעילות? (הבית כנסת לא נקשר באותם שנים עם העמותה)

בכבוד רב,
איתי רובין